Se trata de un juego de lucha para jugadores de todos los niveles. El título incluye toda la acción en tres dimensiones, con gráficos de estilo manga. Además, Naruto: Clash of Ninja contiene más de 20 personajes de la serie original, por lo que los fans reconoceréis muchas caras a medida que avanza la acción y los distintos modos historia.
En el modo Un jugador puedes enfrentarte a la consola ya sea en un combate rápido o en una serie de batallas con todos los personajes para lograr alzarte como supremo ganador. Sométete a un combate contrarreloj para ver con qué rapidez puedes vencer a tu oponente, o pon a prueba tu habilidad en la lucha en el modo Supervivencia y descubre así a cuántos enemigos eres capaz de derrotar. ¡Y no olvides el modo Entrenamiento, disponible para practicar todas esas habilidades importantes y movimientos especiales, tan esencial a la hora de asegurarte de que estás preparado para el combate!
Naruto: Clash of Ninja también ofrece un modo Historia, que incluye muchas de las tramas de la serie original, como por ejemplo la evolución de Naruto como ninja durante el examen chunin. Participa en peleas sacadas de la serie y ponte en el papel de distintos personajes para progresar en la historia. A medida que se desarrolla la trama alrededor de los combates, los famosos personajes de Naruto irán dando explicaciones de los acontecimientos, usando las voces del reparto de actores japoneses de la serie original.
Si progresas en cada uno de los modos de juego, podrás abrir nuevos modos y conseguir dinero, que te servirá para comprar en la tienda , entre otras cosas, nuevos personajes, objetos, escenarios y opciones de juego (por ejemplo, ajustes de dificultad y de batalla).